Coordinador de la Plataforma Bioinformática

Dr. Patricio Yankilevich
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Estudiantes de doctorado

Daniel Koile, Martín Palazzo.

La Plataforma Bioinformática trabaja en la organización y el análisis de genomas, en el análisis de secuencias de genes y proteínas, en la identificación e interpretación de variantes genéticas, en el análisis de experimentos de expresión génica, en tareas de análisis funcional de genes y proteínas, y sus interacciones en los procesos de regulación y vías metabólicas con el objetivo de identificar biomarcadores asociados con enfermedades, en colaboración con los proyectos experimentales desarrollados en el IBioBA. El análisis de la variación molecular y genética dentro de la población podría ser la base de un tratamiento individualizado.

La Plataforma Bioinformática ofrece apoyo no sólo a los investigadores del IBioBA sino también brinda servicios de consultoría y realiza colaboraciones con científicos externos y organizaciones en materia de análisis de datos y desarrollo de software a medida y de bases de datos.

Nuestro equipo tiene experiencia en un número diverso de tareas asociadas al análisis computacional de datos de secuenciación masiva (Next Generation Sequencing – NGS), como análisis de perfiles de expresión génica, identificación de variantes, regulación génica, genómica comparativa, ensamblado de genomas, y el análisis e interpretación visual del genoma clínico.

Todos nuestros proyectos son elaborados a medida, e incluyen desde el desarrollo de bases de datos, software y algoritmos hasta el estudio de datos de genomas, transcriptomas, metabolomas y proteomas, y su análisis estadístico. Tenemos el know how para adaptarnos y participar en distintos proyectos de investigación que requieran recopilar, sistematizar, analizar e integrar diferentes niveles de información.

GenIO: Clinical Genomics Assistant Tool.

INSECT 2.0: IN-silico SEarch for Co-occurring Transcription factors.

Publicaciones

  • Koile, D; Cordoba, M; de Sousa Serro, M; Kauffman, M; Yankilevich, P.
    GenIO: a phenotype-genotype analysis web server for clinical genomics of rare diseases.
    BMC Bioinformatics 19:25 (2018)
  • Parra, R.G.; Rohr, C.O.; Koile, D.; Perez-Castro, C.; Yankilevich, P.
    INSECT 2.0: a web-server for genome-wide cis-regulatory modules prediction.
    Bioinformatics 32:1229-31 (2016)
  • Rohr, C.O.; Parra, R.G.; Yankilevich, P.;Perez Castro, C.
    INSECT: In silico search for co-occurring transcription factors.
    Bioinformatics 29:2852-2858 (2013)
  • Díaz Flaqué, C.M., Galigniana, M. N., Béguelin, W., Vicario, R., Proietti, J.C., Cordo Russo, R., Rivas, A.M., Tkach, M., Guzmán, P., Roa, C. J., Maronna, E., Pineda, V., Muñoz S., Mercogliano, F.M., Charreau, H.E., Yankilevich, P., Schillaci, R., Elizalde V.P.
    Progesterone receptor assembly of a transcriptional complex along with activator protein 1, signal transducer and activator of transcription 3 and ErbB-2 governs breast cancer growth and predicts response to endocrine therapy.
    Breast Cancer Research 15:R118 (2013)
  • Andreu Alibés; Patricio Yankilevich; Andrés Cañada; Ramón Díaz-Uriarte.
    IDconverter and IDClight: Conversion and annotation of gene and protein IDs.
    BMC Bioinformatics 8:9 (2007)
  • Ribas G, Gonzalez-Neira A, Salas A, Milne RL, Vega A, Carracedo B, Gonzalez E, Barroso E, Fernandez LP, Yankilevich P, Robledo M, Carracedo A, Benitez J.
    Evaluating HapMap SNP data transferability in a large-scale genotyping project involving 175 cancer associated genes.
    Human Genetics 118:669-679 (2006)
  • Vaquerizas JM, Conde L, Yankilevich P, Cabezon A, Minguez P, Diaz-Uriarte R, Al-Shahrour F, Herrero J, Dopazo J.
    GEPAS, an experiment-oriented pipeline for the analysis of microarray gene expression data.
    Nucleic Acids Res Vol. 33, Web Server issue (2005)